El SG1 se encuentra en una situación crítica, tras la provocada explosión del sol de Vorash para destruir la flota de Apophis . La entrada en el hiperspacio les ha catapultado a cientos de años luz y la nave de Apophis está pisándoles los talones . Deberán dar con una solución que les lleve de vuelta a casa. También descubrirán que Teal'c no es ese Jaffa que habían conocido .

Tras haber escapado satisfactoriamente de la nave nodriza del SG1 infestada por replicantes, ahora tienen un problema mucho peor, tendrán que reconducir a Teal'c por el buen camino . Este está confuso , su memoria ya no es lo que era pero con la ayuda de Bra'tac y su sabiduría se recordaran episodios pasados de la vida de este singular Jaffa.

 El SG1 se encuentra investigando una nueva cultura con un desarrollo equiparable al de la tierra, pero que a su vez esta devastada por no se sabe que o quién. También encuentran lo que parece ser un arma con una tecnología muy avanzada . El pentágono incorpora una unidad de estudio y Carter encontrará un nuevo amigo.

El SG1 se encuentra en un planeta custodiado por Jaffas cuando un extraño personaje llamado teniente Tyler ,miembro del sg1, es herido. O'neill se queda con él . Carter Teal'c y Jackson regresan a la base pidiendo ayuda para rescatarlos, esta les es denegada . La influencia de Simmons hará que sean examinados psiquiátricamente.

El SG1 llega a un planeta de protectorado de Asgard, La activación del Stagate provoca una reacción en el Sol del sistema k'tau . Este estado en el sol puede acabar con la vida en el planeta , el Asgard Freyr no esta por la labor de ayudarles y se muestra un poco pedante. O'neill solicita reunirse con el alto consejo de Asgard y este le explicará a él los motivos de su no intrusión en el conflicto .

Cassandra ya es toda una adolescente conflictiva . A partir de su cumpleaños empieza a enfermar mostrando unas habilidades inéditas en los seres humanos como la telequinesia . El SG-1 decide volver a Hanka para hallar más pruebas de lo que le pasa a Cassandra . Descubrirán los peligrosos propósitos que se propone Nurtti en sus estudios científicos.

El Dr.Daniel Jackson está investigando los comportamientos de los Unas e identificando su idioma cuando Chaka[ el Una que había secuestrado a Daniel Jacskson] es capturado por humanos el SG1 decide ir al planeta a ver que está pasando . Allí descubrirán los abusos a los que son sometidos esta raza antigua.

 El SG1 investiga un planeta con restos de ruinas fenicias . Cuando Jackson intenta adivinar la combinación de apertura de un ziggurat descubren unos cigarrillos con una marca rusa que les hace sospechar que un anterior equipo ya consiguió entrar. Cuando el SGC contacta con los rusos reconocen que han ido al planeta pero que a la expedición ya la han dado por perdida . Un comando ruso cooperará con el SG1 en esta misión para desvelar el misterio.

 Este quizás sea el mejor capítulo de la 5ª temporada desde mi punto de vista. El SG1 es llamado por los Tolanos para asistir al funeral de Omoc , el extraño comportamiento de la alta canciller tolano ,[esta se ofrece a compartir los cañones de "iones" a cambio de trinio] hace sospechar a Narim que algo no cuadra en su planeta .Con la ayuda del SG1 descubrirán la trágica trama que tiene preparada el destino para esta avanzada cultura

En este capítulo se retoma el argumento de los Aschen , una avanzada raza que parece muy generosa al ofrecernos su tecnología, además de de darnos la oportunidad de entrar en la confederación de planetas de Aschen. Cuando el SG1 empieza a negociar con esta raza el gobierno secreto de los Estados Unidos[NID] se entromete para apoyar la relación , aunque con la ayuda de Carter descubren que el planeta principal de esta raza esta fuera de límites desde que les llego una nota de O'neill desde el futuro.

La mayor Carter es secuestrada y enviada a un hospital donde le practican pruebas y estudian la reacción futura que tiene el cuerpo humando después de ser poseído por un anfitrión . Esta organización que la secuestra está financiada por una agencia privada que a su vez tiene en su poder un goa'uld en estado maduro listo para la implantación. Este capítulo parece ser muy importante en el futuro de la serie ya que sienta las bases de la 6º temporada y el final de la 5º temporada y es una de las causa de la marcha de Michael Shanks.

 En este capítulo también se retoma un argumento pasado Martin Lloyd[Humano que forma parte de una raza muy avanzada aniquilada por los goa'uld] produce una serie que tiene mucha similitud con el programa secreto del gobierno el Stargate.En esta serie de escaso presupuesto se debaten a su vez los posibles defectos de la serie y es un capítulo cómico con un gran final[Es el especial nº 100].

 El SGC embarca en un programa para entrenar cadetes. En el transcurso de un ejercicio de entrenamiento de un grupo de cadetes, O'Neill recibe la noticia de que se ha producido una situación de asentamiento en la base del SGC. El ejercicio de entrenamiento pasará a a convertirse en realidad...[Nota: Se desmienten los rumores que decían que en este capítulo el cadete Elliot sería unido a Lantash de la Tok'ra. Tal unión tendrá lugar en el capítulo doble].

 El Sg-1 está de misión en un planeta donde está siendo atacados por planeadores de la muerte . Mientras Daniel llama a casa una nave mayor se levanta del bosque en su interior se halla Tanith. Daniel , Carter y O'neill cruzan la puerta pero Teal'c se queda para poder destruir la nave de Tanith con su nueva arma de cañón Goa'uld. Cuando lo hace cruza la puerta, pero la explosión de la nave afecta al stargate y este se cierra . Teal'c queda perdido entre los 2 mundos sin posibilidad aparente de volver. El SGC deberá pedir ayuda a los Rusos y O'neill volverá a ver a Maybourne.

 El SGC y la Tok'ra planean un sabotaje cuando descubren que los señores del sistema Goa'uld están preparando una alianza , Esta alianza tiene como objetivo unirse para combatir una nueva amenaza cuya fuente es desconocida. Jackson se convertirá en el esclavo de YU [la posición humana más alta dentro del mundo goauld].

El Dr. Jackson es prisionero de los Goa'ulds concretamente de Yu . Jackson intentará destruir a los señores del sistema. Osiris estará en la cumbre representando a Anubis . Esta intentará que los señores del sistema vuelvan a considerar a Anubis uno de ellos. El Goa'uld Anubis a pasado durante varios milenios desterrado al olvido por los señores del sistema devido a que sus crimenes eran impronunciables.

Un asteroide capaz de aniquilar la vida en el planeta se dirige hacia la tierra el Sg-1 es el encargado de desviarlo . Para llegar al asteroide utilizan una nave de carga goa'uld . Cuando lleguen descubriran que no es un simple asteroide.

Un valiente Jaffa líder intenta liberar a la gente de la esclavitud de los goa'uld .Este intentará formar una alianza con el SGC. El Sg-1 junto a Bra'tac irán al planeta para definitivamente aprobar la alinza. Cuando llegan descubren que el lider que lleva a los Jaffas utiliza unas técnicas poco éticas desde un punto de vista de Tau'ri. Además este Jaffa toma el liderazgo.

El SG1 se encuentra un mundo donde parece que hace un tiempo existió una gran civilización muy avanzada tecnológicamente y también a una única habitante perfectamente conservada , una joven niña que quizás tenga los secretos para ayudar a los Asgard a acabar con ellos ya que esta es un robot muy avanzado.

El SG1 tendrá de nuevo que asumir la responsabilidad de un mundo que está a punto de ser aniquilado por los Goa'uld, ya que antiguos agentes del NID [ previamente vistos en Ni blanco ni negro/ Shades of Grey] se cargaron el dispositivo " El centinela" que protegía a ese planeta. Para lograrlo tendrán que contratar antiguos agentes del NID.

Una civilización descendiente de los Tau'ri se encuentra en un nivel tecnológico aproximado al que tenía la Tierra en 1940. El SGC contacta con la civilización y hacen un trato para intercambiar tecnologías, esta civilización le enseña al SG1 un artefacto alienígena que contiene un mineral muy poderoso que produce enormes cantidades de energía. Como es natural esta civilización tiene tensiones internas entre naciones y planean utilizar el poder del dispositivo como bomba de destrucción masiva. Daniel es acusado de sabotear su proyecto.

Osiris desafia a los Asgard intentando apoderse de un laboratorio de Asgard en un planeta protegido. Thor llega con su nave y le dice a Osiris que se vaya pero esta le desobedece cuando Thor ataca con su nave se da cuenta de que las naves de Anubis llevan una tecnología armamentística superior. Thor es capturado. El SG1 embarca en una mision para salvar a Heimdall un asgard que investiga en el laboratorio la reproducción de los Asgard.