A La Deriva (Parte 2)
Sin comunicación y con el sistema eléctrico dañado por el rayo, la ciudad encoje el escudo para proteger solo la torre principal en un esfuerzo por ahorrar energía, pero cuando atraviesan un cinturón de asteroides Sheppard pone en marcha un peligroso plan para proteger a la ciudad, luego deberá correr contra reloj junto con Zelenka para reparar el hiperpropulsor antes de que se queden sin energía para activarlo. Mientras McKay y la Dra. Keller tratan de salvar la vida de Weir con un plan que podría poner a toda la ciudad en peligro.

Línea de Vida (Parte 3)
El equipo del Coronel Sheppard y la Doctora Dr. Weir deben planear una atrevida infiltración en el mundo Asuran, para robar un MPC de los Replicantes, restablecer la energía de Atlantis, y encabezar su nuevo hogar. Mientras, la Coronel Samantha Carter y el Apollo intentan buscar la ciudad perdida.

Reunión
Cuando el equipo se tropieza con los antiguos compañeros de Ronon, ellos les cuentan la historia de como sobrevivieron a aquel fatídico día en el que Sateda cayo. Sheppard se niega a llevarlos a Atlantis, lo que provoca que Ronon deba decidir entre quedarse en la ciudad, o vivir con sus antiguos aliados... quienes guardan oscuros secretos, de como realmente sobrevivieron.

Violación
El equipo de sheppart llega a un planeta donde encuentran por la terquedad de rodney una especie de cristal similar al que Jack O'Neill encontró hace 10 años, Sheppard los despierta al tocarlos, y emanan una especie de rayo. Al llegar atlantis, primero teyla , luego la doctora y después ronon, y hasta el mayor lorne tienen pesadillas donde el mayor sheppart tiene una presencia negativa. pero luego se torna peligroso, y hasta muere la psicóloga de atlantis, un importante miembro; por lo cual buscan a la entidad y descubren que está dentro de rodney, y sheppart tendrá que ayudarlo a vencer a la entidad.

Viajeros
El Coronel Sheppard es capturado por una raza de humanos que ha estado viviendo por generaciones en el espacio para evitar cualquier tipo de contacto con los Wraiths. Estań al corriente de los rumores sobre un nuevo y poderoso enemigo de los Wraiths, la expedición Atlantis. Sabiendo esto y lo relacionado con el gen de los Antiguos, planean usar a Sheppard para activar una nave de guerra de los Antiguos.

Mente Vacía
Muchos tipos de plantas fueron extraídos de la tierra del nuevo planeta donde está situado Atlantis, están siendo estudiados por los miembros del equipo de botanica cuando empiezan a presentar un grave dolor de cabeza, seguido por pérdida de memoria, toda la base tarde o temprano empieza a olvidar todo, incluso hasta quienes son ellos mismos. En un par de horas toda Atlantis está bajo cuarentena sin recordar quienes son ni porque están allí excepto Teyla y Ronon, ellos son los que deben guiar a la base a que puedan encontrar una solución a tiempo.

Desaparecidos
Teyla y la Dra. Keller se disponen a visitar el nuevo asentamiento de los athosianos, pero cuando llegan allí advierten que han desaparecido. Tendrán problemas con una tribu de guerreros que ahora ocupan la zona.

El Vidente
Mientras buscan a los Athosianos, el equipo se encuentra con Davos, un hombre que puede ver el futuro.Y gracias a él evitan una seudo emboscada por el espectro de 3x07, Todd, que quería comunicarse con Sheppard para discutir sobre los replicantes. El wraiht quiere eliminar a los replicantes con un virus, y necesitaba la ayuda de Mckay. Además los replicantes están destruyendo planetas humanos. Lo llevan a Atlantis en calidad de prisionero. Todo se complica cuando llega su nave colmena, y más tarde una nave colmena enemiga. Será aún más complicado porqué la Coronel Carter tiene una visión con el vidente Davos deen la que Atlantis era destruida. Además Richard Woolsey está haciendo un informe sobre Atlantis.

La Travesía de los Miller
Un jefe de una corporación médica secuestra a la hermana de Rodney, la Sra. Miller, ya que había interceptado sus correos, para intentar obtener el conocimiento de nuevas tecnologías que ella está desarrollando, por encargo de rodney como ayuda.Al enterarse, Mckay regresa a la tierra para buscarla, pero es secuestrado también. Luego se enteran que el tipo que los secuestro lo hizo para conseguir nanites para curar a su hija, que tenía leucemia entre otros males, pero los nanites no estaban correctamente programados. Pero como rordney no le quería coperar, le inyecta nanites a la hermana de rodney, lo que le podría ser peligroso y hasta fatal.Ellos lograrán programar correctamente a los nanites, y funcionarán con la hija del tipo, que morirñia luego, por un defecto de programación se quedarían sin energía y sería lo mismo que antes, Es por eso que tendrán que llevarla al monte cheyenne, pero rodney necesitará la ayuda del espectro del episodio 4x8,que tenían cautivo en atlantis, pero como este no había comido, no podrá acerlo y rodney se ofrcerá para que se alimente.

La Espiral moral 
Después de que un dron antiguo misterioso choque en Atlantis, el equipo debe saber si los Replicadores pudieron haber encontrado la ciudad... y si la predicción de Davos sobre la destrucción de la ciudad perdida sera verdad. Además, las cosas se vuelven más extrañas cuando reaparece Elizabeth Weir.

Todos Mis Pecados Serán Recordados 

El equipo espera eliminar a los Replicantes de una vez por todas, reclutando una flota de Naves Colmena para luchar junto al Dedalo y al Apollo. Desafortunadamente, no muchas naves se unen a la causa, y la expedición podría causar una cadena de eventos que no serán capaces de contener.

Botin de Guerra (Parte 3)
El equipo de Atlantis localiza una nave Colmena parcialmente dañada que participó en la anterior batalla contra los Replicantes, en el proceso, descubren información crítica que podría ayudar en su nunca finalizada lucha contra los Wraith.

Quarentena
Un cierre impuesto de Atlantis atrapa a bastante personal por toda la ciudad con gente que nunca hubieran esperado estar, amenazando con romper varias relaciones que se extienden a través de toda la expedición... y permitiendo a otras florecer.

Armonía
En un planeta familiar, Sheppard y McKay aceptan escoltar a una princesa, Armonía, a un templo donde ella pueda asumir el título de reina. En su simple y rutinaria mision, encuentran que un contingente Genii intenta atrapar a Armonía por orden de su propia hermana

Exiliado
Sheppard debe volver a la Tierra porque su padre ha fallecido. Durante el funeral es contactado por una persona quien expone un problema: un experimento ilegal se ha salido de control y ahora hay replicantes en la Tierra.

Trio
La coronel Carter, el doctor McKay y la doctora Keller viajan a un mundo en misión diplomática. El planeta había sido una antigua mina Genii y los tres expedicionarios de Atlantis se encuentran atrapados en el abandonado complejo minero al caer por un agujero en la tierra.

A mitad del Camino
Teal'c visita Atlantis para ayudar a Ronon a dominar su mal genio, preparándolo para una entrevista en la Tierra. Mientras, los espectros logran interceptar las comunicaciones en el túnel de stargates que comunican Atlantis con la Tierra y cuando Teal'c y Ronon regresan por el mismo, deben pelear para proteger la estación espacial Midway y el Comando Stargate, invadido por los espectros.

Nueva Raza (Parte 1)
Un enemigo ha regresado difundiendo por la galaxia un virus basado en la vacuna de los Hoffanos, eliminando humanos y espectros, y es el responsable de secuestrar a los Athosianos. Teyla recibe mensajes telepáticos de ayuda y es secuestrada por un dardo espectro cuando intenta averiguar el destino de su pueblo y cuando el equipo de Atlantis intenta un rescate, durante el proceso encuentran a un viejo amigo a quien no esperaban volver a ver.

Nueva Raza (Parte 2) 
El equipo de Atlantis falla en su rescate pero encuentran al clon de un viejo amigo: el doctor Carson Beckett. Este desconoce que su estado actual en Atlantis es de muerto (murió en el episodio Domingo, 3x17) y debe reintegrarse a la vida normal. Mientras tanto, Michael (el espectro híbrido humano del episodio 2x18) sigue con sus experimentos y le explica a Teyla la importancia de su hijo no nato. A todo esto, Carson ayuda a ubicar el laboratorio de Michael, pero su tiempo se agota: un defecto de la clonación lo está matando.

El último hombre 
Sheppard regresa a Atlantis pero el cruce del agujero con una llamarada solar, lo lleva unos 48000 años en el futuro. Allí lo espera el holograma de un anciano Rodney McKay, quien le dice que lo va a ayudar a regresar, y le cuenta las cosas que pasaron después de su desaparición y lo mal que fue todo, como Michel se convirtió en el dueño de la galaxia pegasus destruyendo a los espectros y a humanos, y creando nuevos híbridos, lo que directamente va a influenciar cosas en atlantis, como indirectamente murió keller por michel, ya que ella curaba a los afectados de la droga hoffana, teyla luego de dar a luz, ronon y samanta carter y hasta el espectro Todd mueren luchando contra las fuerzas de Michael, y que el comando stargate decidirá no ayudar más a los humanos de otras galaxias, y de como el ,luego de la muerte de keller como su esposa por la droga hoffana, se ocupa por 25 años en hacerlo regresar. Pero Rodney con su holograma, le explica que rescatando a teyla puede evitarse todo ese destino, así que tendrá que hacerlo luego de regresar, aunque surgen complicaciones para sheppart a causa del sol del planeta, ya que tendría que esperar 700 años aún para otra llamarada y aprovecharla para volver, aunque el sol sería supernova en solo 500 y si fuese así la atmósfera del planeta desaparecerá y moriría inmediatamente, pero descubren como evitarlo.