(The Siege III)

En Atlantis el camino de vuelta a la Tierra está abierto cuando lso Espectros asaltan la ciudad de los Antiguos.

(Intruder)

El Dedalo es infectado con un virus de ordenador de los Espectros, mientras los miembros de la expedición vuelven desde la Tierra a Atlantis.

(Runner)

 Sheppard y su equipo intentan localizar al Teniente Ford, y se ven cautivos de un joven que está siendo cazado por los Espectros.

(Duet)

Visitando un planeta, McKay y la oficial Cadman son recogidos por el rayo tractor. Derribado el Dardo, al intentar extraerlos, en el cuerpo de McKay está su conciciencia y la de Cadman, y ambos intentarán conseguir el control del cuerpo.

(Comdemned)

 El equipo de Atlantis descubre una cultura que vive relativamente a salvo de los Espectros, porque envían a sus criminales a los Espectros... y aterriza en la peligrosa colonia penal.

(Trinity)

Ronan Dex descubre que un pequeño número de gente ha sobrevido al ataque de los Espectros, incuyendo a su antiguo entrenador del ejército.

(Instint)

El equipo de Atlantis llega a un planeta donde su gente es cazada cada varios meses por un misterioso ser, el Daemus, que les absorve la vida. Sheppard se compromete a cazarlo, pero descubrirán que las cosas no son lo que parece.

(Conversion)

El Coronel Sheppard empieza a sufrir los efectos de una extraña conversión física.

(Aurora)

El equipo de Atlantis descubre una nave de los Antiguos. Cuyos tripulantes permanecen en animación suspendida viviendo en una realidad virtual.

(The Lost Boys)

El equipo localiza al desaparecido Teniente Ford, quien lidera a un grupo de jóvenes alterados por la encima de los Espectros, y que quiere que el equipo les ayude en un ataque suicida contra una nave colmena.

(The Hive)

El Coronel Sheppard cae prisionero de los Espectros después del ataque suicida de Ford a una nave colmena.

(Ephiphany)

Sheppard se encuentra en un planeta donde el tiempo pasa más rápidamente, y donde no hay forma de contactar con su equipo ni de volver a Atlantis.

(Critical Mass)

Cuando la baliza de emergencia se dispara indicando la presencia de un Espectro en Atlantis, las sospechas se centran en un recien llegado de la Tierra.

(Grace under Presion)

McKay se queda atrapado bajo el agua en un Salta Charcos que se ha estrellado, y el resto de su equipo intenta rescatarle.

(Tower)

El equipo del Coronel Sheppard descubre un mundo que posee la tecnología de defensa de los Antiguos, y donde Sheppard queda atrapado por la rivalidad entre dos hermanos para acceder al trono feudal del dicho mundo.

(Long Goodbye)

 Dos naciones alien enfrentadas buscan la victoria usando a Weir y a Sheppard como peones.

(Coup D'etat)

Una proposición de un Genii renegado proporciona a Atlantis la ocasión de conseguir un ZPM y de mejorar sus relaciones con los Genii.

(Michael)

Un amnésico joven teniente hace un increible descubrimiento sobre si mismo: es un Espectro transformado por una droga creada por el Dr. Beckett

(Inferno)

EL Dr. McKay debe salvar al equipo cuando son capturados en un planeta con un super volcán y no hay una salida visible.

(Allies)

Atlantis une sus fuerzas con una facción de los Espectros liderada por Michael, el Espectro que intentaron convertir en humano, quien busca su ayuda para intentar destruir a su enemigo común.