[Rising 1y 2] 

Un nuevo equipo del Stargate se embarca en una peligrosa misión en una distante galaxia, donde descubrirán una mítica ciudad perdida... y un nuevo y mortal enemigo. 

[Hide and Seek] 

La base Atlantis es amenazada cuando el equipo descubre que una entidad alien están en la ciudad. El experimento de McKay con tecnología alien se tuerce. 

[38 minutes] 

El equipo se encuentra en peligro mortal cuando su nave de salto se destruye en el Stargate. 

[Suspicion] 

Tras otro peligroso encuentro con el nuevo enemigo, los Espectros, el equipo sospecha que hay un traidor en su seno. 

[Childhood's end] 

Sheppard y su equipo terminan en un planeta protegido por un poderoso campo ElectroMagnético, y además encuentran una población que no vive más de 25 años. 

[Poisoning the Well] 

Una raza alien ha creado una droga para ayudarles a luchar contra los Espectros. 

[Underground] 

Los esfuerzos para abrir relaciones comerciales con una especie llamada Genii se vuelven amargos cuando el equipo descubre que sus nuevos "aliados" tienen motivos ocultos. 

[Home] 

Los esfuerzos de McKay para utilizar la energía de la atmósfera de un planeta alien le permite volver a la Tierra, pero el equipo no es capaz de volver a Atlantis

[The Storm] 

Cuando una tormenta masiva amenaza la ciudad, Atlantis es evacuada, solo para ser tomada por el más reciente enemigo del equipo.  

[The Eye] 

El Mayor Sheppard juega un peligroso juego de gatos y ratones con los soldados que han tomado el control de Atlantis y tomados a Weir y McKay como rehenes. 

[The Defiant One] 

El equipo de Sheppard investiga una nave de los Espectros caida, y se encuentran atrapados en un planeta con un solitario Espectro superviviente. 

[Hot Zone] 

Varios residentes de Atlantis son infectados con un mortal virus local, obligando a una cuarentena de la ciudad.

[Sanctuary]

 El equipo descubre un mundo paradisiaco que podría ser un refugio ideal para que huyen de los Espectros, pero los habitantes locales creen que sus dioses no lo permitirán. 

[Before I sleep] 

Una mujer es encontra en animación suspendida en Atlantis, y resulta un shock para el equipo cuando ven que es la propia Dra. Weir, quien les cuenta su viaje de 10.000 años hacia el pasado de la ciudad. 

[The Brotherhood] 

El equipo busca un valioso Módulo de Punto Cero que se rumorea está oculto en el planeta Dagan, pero sus nuevos aliados tienen sus propios motivos. 

[Letter from Pegasus] 

Con una breve oportunidad de enviar una transmisión de datos a la Tierra, los miembros de la expedición a Atlantis realizan un mensaje en vido para sus seres queridos. 

[The Gift] 

Atacada por terribles pesadillas, Teyla empieza a recordar los tiempos cuando ella y su padre fueron capturados por los Espectros y sometidos a terribles experimentos. 

[The Siege I] 

Con un grupo de naves colmena de los Espectros de camino hacia Atlantis, el equipo busca un lugar a donde huir y una forma de destruir la ciudad. McKay dirige un equipo para activar las plataformas de armas orbitales de los Antiguos.

[The Siege II] 

Un nuevo contigente militar es enviado para tomar Atlantis cuando la ciudad está amenazada por un inminente ataque de los Espectros.